หน่วยพิทักษ์ชาติ “Sonic The Hedgehog 3” ยึดอุกกาบาตที่บรรทุกแชโดว์เดอะเฮดจ์ฮ็อกหลังจากที่มันตกลงมาที่โอคลาโฮมาในปี 1974 เจอรัลด์ โรบ็อตนิกเป็นผู้นำการศึกษาวิจัยจำนวนหนึ่งในห้องปฏิบัติการของ G.U.N. ซึ่งใช้ประโยชน์จากความสามารถของแชโดว์
แชโดว์กลายเป็นเพื่อนที่ดีกับมาเรียหลานสาวของเจอรัลด์ เย็นวันหนึ่ง เจ้าหน้าที่ของ G.U.N. ได้สังหารมาเรียโดยไม่ได้ตั้งใจด้วยการระเบิดในขณะที่เจอรัลด์ มาเรีย และแชโดว์พยายามหลบหนีออกจากสถานที่ดังกล่าวเพื่อช่วยแชโดว์ไม่ให้ถูกจับตัวไป
แชโดว์ถูกทำให้อยู่ในสภาวะพักการเคลื่อนไหว ในขณะที่เจอรัลด์ถูกส่งเข้าคุก
ห้าสิบปีต่อมา “โซนิค เดอะ เฮดจ์ฮ็อก 3” แชโดว์ผู้อาฆาตแค้นได้รับการปล่อยตัวเมื่อระบบของเรือนจำของ G.U.N. ถูกบุกรุกนอกชายฝั่งของญี่ปุ่น ร่วมกับพ่อแม่บุญธรรมของพวกเขา ทอมและแมดดี้ วาโชวสกี้ โซนิค เทลส์ และนัคเคิลส์
กำลังร่วมรำลึกถึงวันครบรอบวันเกิดของโซนิคในกรีนฮิลส์ โซนิค เทลส์ และนัคเคิลส์ได้รับการคัดเลือกจาก G.U.N. ผู้กำกับร็อคเวลล์พยายามหยุดยั้งแชโดว์ไม่ให้ก่อความหายนะในโตเกียว ทั้งสามคนพ่ายแพ้ต่อแชโดว์และหนีไป
