“แผนสั่งหารมะนาวต่างดุ๊ด” ภาพยนตร์เริ่มต้นด้วยความพยายามของกองทัพญี่ปุ่นในการจับกุมบุคคลที่รับผิดชอบต่อการทำลายล้างดวงจันทร์มากกว่า 70% แต่ไม่ประสบความสำเร็จ ทีมทั้งหมดที่ได้รับคำสั่งให้ทำเช่นนั้นถูกโจมตีโดยสิ่งมีชีวิตลึกลับที่มีหนวด
ในระหว่างนั้น “Assassination Classroom” นางิสะ ชิโอตะ นักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 จากโรงเรียนมัธยมต้นคุนุกิโอกะ เล่าว่าเขามาอยู่ในสถานการณ์ที่ลำบากในปัจจุบันได้อย่างไร เขากลายเป็นตัวตลกในสายตาของเพื่อนๆ และถูกจัดให้อยู่ในห้อง 3-E ซึ่งเป็นห้องสำหรับนักเลงและบุคคลที่ไม่พึงประสงค์อื่นๆ ของโรงเรียน แต่ในความเป็นจริงแล้ว ห้อง 3-E เป็นแนวหน้าของความพยายามของรัฐบาลญี่ปุ่นในการกำจัดโคโระเซ็นเซ สิ่งมีชีวิตกลายพันธุ์ที่มีหนวดซึ่งถูกกล่าวหาว่าเป็นผู้ก่อการทำลายดวงจันทร์ ก่อนจะสำเร็จการศึกษา เมื่อเขาตั้งใจจะทำลายโลก นักเรียนจะต้องฆ่าเขาด้วยกระสุน BB และใบมีดพิเศษ พวกเขายังต้องเรียนรู้ทั้งทักษะทางสติปัญญาและการลอบสังหารจากเขาด้วย ทาดาโอมิ คาราซูมะ ในเครือรัฐบาลและอิรินา เจลาวิช มือสังหารชาวเซอร์เบียช่วยอาจารย์โคโระในการสอนของเขา
